抗新型冠狀病毒藥物篩選虛擬模型開放共享
來源：科技日報 時間：2020-02-07 10:10:35 編輯：陳姝悅
6日，青島海洋科學(xué)與技術(shù)試點國家實驗室（以下簡稱海洋試點國家實驗室）傳來喜訊：為了加速對抗新型冠狀病毒的藥物篩選進(jìn)程，海洋試點國家實驗室基于“藍(lán)色藥庫”研發(fā)基礎(chǔ)，利用全國各地科學(xué)家們貢獻(xiàn)的海洋天然產(chǎn)物信息，通過生物信息學(xué)分析研究病毒基因的保守性，結(jié)合知識圖譜技術(shù)收集類似蛋白結(jié)構(gòu)信息，確立了病毒配體Spike蛋白、病毒受體ACE2蛋白、病毒蛋白酶PLpro（papain-like protease）和Mpro（3C-like protease或main protease）、介導(dǎo)病毒RNA帽子的甲基化修飾的nsp16、與病毒轉(zhuǎn)錄復(fù)制相關(guān)的RdRp（RNA-dependent RNA polymerase）和潛在的病毒用于干擾宿主免疫的X domain蛋白共7個藥物篩選靶點，通過同源模建、分子動力學(xué)模擬等手段，構(gòu)建了可直接用于虛擬藥物篩選的靶點口袋。
據(jù)海洋試點國家實驗室科研人員介紹，上述這些數(shù)據(jù)信息已于2月2日向全社會開放共享。
據(jù)不完全統(tǒng)計，從開放到2月6日的4天時間里，有來自國內(nèi)外高校、醫(yī)藥企業(yè)和科研院所等近百家單位進(jìn)行了注冊下載。據(jù)分析，對目前7個靶點模型關(guān)注熱度不盡相同。依據(jù)下載頻次，目前關(guān)注度較高的為“Spike蛋白的RBD”靶點，其他6個靶點關(guān)注度基本相似。
共享信息發(fā)布后，多家研究機(jī)構(gòu)及藥企的科研與工程技術(shù)人員圍繞藥物虛擬篩選、篩選數(shù)據(jù)分析、藥物計算軟件開發(fā)與應(yīng)用以及化合物藥理研究等方面與海洋試點國家實驗室科學(xué)家進(jìn)行了深入交流和研討，提出了許多有益的建議，并探討合作機(jī)制和途徑，進(jìn)一步推動了相關(guān)后續(xù)工作。
為打贏新型冠狀病毒疫情防控阻擊戰(zhàn)，海洋試點國家實驗室將繼續(xù)發(fā)揮多學(xué)科交叉、大平臺、大協(xié)作的優(yōu)勢，不斷拓展藥物苗頭分子篩選數(shù)據(jù)庫。目前，針對病毒靶點的分子對接和分子動力學(xué)模擬計算正在緊張進(jìn)行之中，據(jù)預(yù)測有望獲得2000余個苗頭化合物，同時加速研究分子與細(xì)胞水平的生物實測驗證。這些數(shù)據(jù)信息海洋試點國家實驗室將會加快向全社會開放共享，以推進(jìn)防控藥物研發(fā)進(jìn)程。（王建高）
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